Napoléon garde une attitude favorable envers les sciences sous le Consulat (1799-1804) ainsi que sous l'Empire (1804-1814). Pourtant, sa relation avec les Idéologues se modifie profondément. La politique de Napoléon évolue de plus en plus vers une restauration. Dans le cadre religieux, cela aboutit au Concordat avec le Pape en 1801. Les Idéologues, dans leur attitude sensualiste et par conséquent anticléricale, critiquent cette politique. Par la suite, Napoléon commence une véritable campagne contre eux. C'est lui qui les appelle Idéologues, tout en dévalorisant leur pensée. L'Idéologie, dans l'interprétation de Napoléon, devient l'équivalent d'une théorie qui se situe loin de la réalité. En même temps, il détruit leurs institutions: avec la loi du 11 floréal an X (1/5/1802), il supprime les Écoles Centrales en introduisant les écoles secondaires et les lycées. Dans sa réforme de l'Institut National en 1803, il abolit la classe des sciences morales et politiques.

J'ai rangé tout ce monde-là sous la dénomination d'idéologues, qui, d'ailleurs, est celle qui leur convient spécialement et littéralement, ‚chercheurs d'idées' (idées creuses en général); eh bien, l'application juste, à leur égard de ce mot d'‚idéologie', les a fait tourner en ridicule encore plus que je ne m'y attendais. Le mot a fait fortune, je crois parce qu'il venait de moi. Il n'y a pas de mal à cela. On fera moins d'idéologie; car c'est le vrai mot: 'idéologie, science des idées'. A tout prendre, et j'y ai bien réfléchi, ces pauvres savants là ne se comprennent pas eux-mêmes.

Napoléon, 1803